Nació en Quintanaortuño, (Burgos), en el seno de una familia acomodada. Fue discípulo de Santo Domingo de la Calzada con quien realizará una de las mayores empresas de la Edad Media. Junto a su maestro intentó mejorar el paso de los peregrinos, sirviéndose de sus conocimientos para la construcción. Se dice de Juan que fue el arquitecto más famoso de Castilla.
Fue ordenado presbítero y distribuyó sus bienes entre los pobres, y peregrinó a Jerusalén. Después de una estancia de un año, regresó a España y se retiró a un lugar solitario llamado Ortega, en los montes de Oca, en este lugar construyó una ermita dedicada a San Nicolás, ya que atribuyó a este santo el haberle librado de una tempestad durante su viaje a Palestina. Fundó un monasterio que lleva su nombre. A su alrededor se fueron reuniendo discípulos, y creó una comunidad que puso bajo la regla de San Agustín. El papa Inocencio II dio su aprobación, y acogió a esta comunidad bajo su protección.
El rey Alfonso VI le ofreció su amistad y le concedió grandes privilegios. Le confió el hospital fundado en aquel lugar por la reina Urraca para los peregrinos, y junto a sus canónigos regulares se dedicó con gran atención a su cuidado. Se dice que cuanto él construía de día, los malhechores lo deshacían y robaban por la noche, pero él terminó sus obras. Con el fin de facilitar el paso de los peregrinos, construyó dos puentes: uno en Logroño y otro en Nájera.
La fundación de San Nicolás de Ortega recibió durante la vida de Juan muchas donaciones del rey Alfonso y de su hijo Sancho. En 1142, Alfonso VII le donó incondicionalmente el Realengo de los montes de Oca. Juan se convirtió de esta forma en señor de Ortega, cuyo nombre tomó. Su fama se propagó por los reinos cristianos, y contribuyó a la paz entre los reyes de Castilla, Aragón y Navarra. dedicándose a las obras de caridad, murió en la paz del Señor.
En Octubre de 1953, el Instituto Técnico de la Construcción y el Cemento lo había proclamado asimismo como su Patrono. El Consejo de Colegios de Aparejadores y Arquitectos Técnicos de España solicitaba su patronazgo y recibía informe favorable de la Conferencia Episcopal Española el 19 de Septiembre de 1970.
El 29 de julio de 1971, el Canciller Secretario de Cámara y Gobierno del Arzobispado de Burgos comunicaba al Consejo que la Santa Sede había designado su Patrón a San Juan de Ortega, según bula de la Sagrada Congregación para el Culto Divino dada el día 26 de Mayo anterior.
...ratificaba muy complacida, en virtud de las facultades que le habían sido concedidas por el sumo Pontífice Pablo VI, la decisión de la Conferencia Episcopal Española por la que San Juan de Ortega era constituido Patrón ante Dios de la asociación llamada Consejo Superior de Aparejadores y Arquitectos Técnicos de España, con todos los derechos y privilegios correspondientes a tenor de las leyes litúrgicas.